Dnešní chrám je však z doby pozdější. V roce 1319 začal Jan Lucemburský stavět protáhlou bazilikální trojlodní stavbu s dlouhým a vysokým kněžištěm a se dvěma průčelními věžemi. Jedná se o druhou nejdelší chrámovou stavbu v Praze. Tento gotický chrám dokončil až Karel IV. v roce 1374. Vrchol klenby tehdy dosahoval snad 30 m a po kostele sv. Víta byl nejdelším chrámem v Praze. Býval místem slavnostních obřadů při pohřbech panovníků. V roce 1378 zde bylo například vystaveno na nádherném katafalku obklopeném pěti stovkami svící tělo Karla IV. a v roce 1577 zde byl dočasně pohřben císař Maxmilián II.

Po požáru roku 1689 byla provedena architektem Janem Šimonem Pánkem barokní úprava, která byla stavebně dokončena roku 1702 a v interiéru byla dovršena až v letech 1736 - 39. Tato úprava zbavila vnějšek kostela gotických tvarů, ale jeho původní půdorys stále připomíná klasickou gotiku 1. poloviny 14. století.

Kostel je mohutnou trojlodní bazilikou s presbyteriem a barokním chórem a s věží na jihozápadě. Výzdoba průčelí je dílem padovského rodáka Ottavia Mosta, který přišel do Prahy ze Salzburgu a v Praze posléze i zemřel. Vytvořil tři štukové reliéfy nad portály: sv. František z Assisi, sv. Jakub a sv. Antonín Paduánský. Vnitřek chrámu působí po restauraci z roku 1941 impozantně. Vysoký dlouhý prostor prozrazující původní gotickou dispozici s protáhlým kněžištěm a nad bočními loděmi barokními tribunami, je členěn pilastry z umělého mramoru vytvořené K. Schartzmannem a zdobené štukaturami A. Bolly. Na klenbě hlavní lodi je zdoben nástropními malbami ze života P. Marie a Oslavením Nejsvětější Trojice od F. Vogeta z roku 1736. V roce 1881 byly přemalovány F. Duchoslavem.

Nejstarší sochařskou prací v kostele je pozdně gotická polychromovaná socha Piety z doby kolem r. 1500 na hlavním oltáři, která byla zachráněna při požáru chrámu roku 1689. Obraz patrona chrámu na hlavním oltáři Umučení sv. Jakuba namaloval Václav Vavřinec Reiner. Umělecky nejcennější je překrásný vrcholně barokní náhrobek nejvyššího českého kancléře Jana Václava Vratislava z Mitrovic z let 1714 - 16 podle návrhu vídeňského architekta J. B. Fischera z Ehrlachu. Náhrobek je u levé boční lodi, zdobený sochami Ferdinanda Maxmiliána Brokoffa. Kostel sv. Jakuba má třetí největší soubor obrazů Petra Brandla (po kostele Panny Marie Vítězné a kostele sv. Markéty v Břevnově). Jsou to čtyři obrazy na těchto oltářích: oltář Všech svatých, sv. Václava, Nanebevstoupení Panny Marie a oltář sv. Josefa. Obrazy jsou z prvního dvacetiletí 18. století. Další významné obrazy jsou: Útěk do Egypta (autor Škrétův žák Jan Jiří Heinsch) a Svatý Florián (autor Brandlův současník Michal Václav Halwach).

Nad bočním vchodem z ambitů pod severozápadní věží (nedostavěnou) se nachází pamětní deska z roku 1615 k uctění cechu řezníků, kteří podvakrát - r. 1420 a za vpádu Pasovských r. 1611, zachránili život bratřím minoritům a kostel před zpustošením.

Na kruchtě se nacházejí varhany z roku 1705. Chrám sv. Jakuba je v současnosti též proslavený jako koncertní prostora, kde se pořádají varhanní koncerty.

Ke kostelu sv. Jakuba se váží různé pověsti: soška Panny Marie na hlavním oltáři bývala považována za zázračnou. Proto byla uctívána a ověšována dary. Jednou se zloděj nechal zamknout v kostele, aby dary mohl ukrást. Když chtěl vzít šňůru s dukáty, ruka sochy ho pevně uchopila a držela až do rána, kdy byl nalezen na místě činu. Představený kláštera se ptal sochy, zda mu má být ruka useknuta. Na tuto otázku socha ihned ruku uvolnila a skutečně mu pak byla useknuta a dodnes zmumifikovaná visí na řetězu u vchodu do kostela. Zloděj byl žalářován a pak si vyprosil, aby směl v klášteře sloužit jako nejnižší služebník.

Další pověst se váže k Vratislavu Václavu z Mitrovic. Tomu se ve snu zdálo, že umřel, ale pochován v rakvi obživnul. Proto si vymínil, aby mu po smrti bylo srdce probodnuto jehlou. To však lazebník, který ho miloval, nedokázal. Když hraběte pochovávali, byl však jen zdánlivě mrtev a v hrobce skutečně obživnul. Marně víkem rakve tloukl do náhrobního kamene. Když to mniši po čase uslyšeli, náhrobní kámen odstranili a našli vedle rakve ležet mrtvé tělo hraběte s tváří, v níž se zračila hrůza.

Dne 29. ledna 1974 propůjčil papež Pavel VI. staroměstskému chrámu svatého Jakuba Většího (též Staršího) jako druhému v Praze čestný titul Bazilika menší.

Klášter se v průběhu 13. a 14. století těšil pozornosti a přízni panovnických dynastií, zvláště českého krále Jana Lucemburského (1310 - 1346) a jeho manželky, královny Elišky Přemyslovny. Za husitských válek zůstal areál ušetřen plenění, avšak minorité byli po svém návratu nuceni z finančních důvodů část budov pronajmout či prodat a teprve v 80. a 90. letech 16. století uskutečnili některé úpravy ve slohu renesance.

Po roce 1620 započala nová fáze výstavby a přestavby, ve slohu raného baroka, zakončená v 60. letech 17. století a motivovaná novými, především vzdělávacími a misijními úkoly řádu v procesu rekatolizace Čech. V roce 1689 pak část kláštera vyhořela, avšak vzápětí začala obnova, probíhající až do konce 18. století, když ve 30. letech 18. století proběhly pouze drobné úpravy některých částí. V roce 1754 se však konvent stal opět obětí požáru, jehož stopy překryla pozdně barokní přestavba a úpravy, ukončené v roce 1767. V roce 1784 byl konvent v podstatě zrušen a velká část budov prodána. S restaurací zbylých budov se započalo ve 40. letech 20. století, významná část těchto prací pak proběhla koncem 80. let.

Z původního rozsáhlého komplexu v sousedství chrámu sv. Jakuba zbyla pouze část, tvořená jedno a dvoupatrovými budovami, soustředěnými kolem téměř obdélného rajského dvora. Velmi jednoduché fasádě uličního průčelí dominují raně barokní portál s dveřmi, zdobenými reliéfy světců, andílků a znakem minoritů, a barokní socha (dobová kopie) P. Marie Bolestné. Části dvorních fasád tvoří v přízemí gotické arkády s hrotitými oblouky a barokní arkády s oblouky půlkruhovými, v patře křídla při chrámu se mezi okny nacházejí pilastry, v patře východního křídla terasa. Fasáda závěru kaple sv. Anny, vystupující z východního křídla vně kláštera, nese prvky gotického slohu v kombinaci s raně barokními.

Velká část místností interiéru je klenuta barokními klenbami různého stáří. Nachází se zde řada raně barokních vstupních portálků a rovněž dvouramenné schodiště raně barokní. Patra jsou v podstatě plochostropá, pouze v jížní části  prostředního křídla se nacházejí místnosti s renesanční klenbou. Pozornost zde zaujme zimní refektář, zdobený freskami na motivy života sv. Františka z Assisi z 30. let 18. století od F. Vogeta a štukami od A. Bolly z téže doby, dále letní refektář s freskami na motivy života sv. Františka a dějin řádu minoritů a štukami z 30. let 18. století od těchže umělců. Interiér kaple sv. Anny, umístěné ve východním křídle, zdobí opět fresky F. Vogeta, tentokrát na motivy života sv. Anny a fresky, zobrazující sv. Trojici se světci.

Nedlouho na to, roku 1316, stihla klášter těžká pohroma. Za požáru, který vznikl v Židovském městě, byl celý klášter i s kostelem tak poškozen, že jej bylo nutno úplně přestavět. Této přestavby se ujali královští manželé.

Rychlý postup lucemburské přestavby, který nasvědčuje, že se přestavba zprvu držela základů původního konventu. Jak bylo obvyklé, započato bylo s přestavbou ve východním traktu kláštera. Již r. 1323 byla hotova a vysvěcena kaple sv. Anny, ležící při východním křídle ambitu. Doba pěti let, již si vyžádala stavba kaple, je příliš krátká na novostavbu poměrně rozsáhlé svatyně, dodnes v hmotě zachované, a tak nelze než se domnívat, že šlo více o rekonstrukci, než o novostavbu. Rovněž poloha tohoto východního traktu kláštera, odchýlená proti ostatní stavbě více k severozápadu, napovídá, že přestavba tu byla asi vázána starší dispozicí.

Velký požár, založený prý francouzskými paliči dne 21. června 1689 v Kaprové ulici v několika hodinách strávil větší část města židovského i Starého. Při tom bylo poškozeno i několik kostelů. Kostel a klášter sv. Jakuba byl z nich postižen nejvíce.

Neprodleně bylo započato s obnovou a přestavbou vyhořelých částí konventu. Nejdříve, již koncem r. 1689, byla provizorně upravena kaple sv. Anny při východním křídle ambitu, která se stala dočasnou klášterní svatyní.

Popis

V I. polovině 18. století ve východním křídle ambitu byl zevně do podoby portiku utvářen přístavek a dosavadní rameno ambitu bylo jako předsíň připojeno ke kapli sv. Anny. Tehdy také byly arkády tohoto ramene opatřeny okny a na jeho křížové klenbě vymalována malba představující skupinu poutníků, uctívajících postavu sv. Anny.

Vlastní kaple sv. Anny jest v půdorysu gotický obdélný prostor, uzavřený pěti stranami osmiúhelníku, na výšku probíhající oběma patry tohoto křídla klášterní budovy, sklenutý valeně. Barokní klenba je pokryta malbou Františka Vogeta z konce 30. let 18. století, v níž malíř znázornil Nejsvětější Trojici, kterou uctívá skupina pěti světců.

V druhé půli 19. století byla malba přemalována.

Na stěnách kaple jsou namalovány čtyři nezřetelné výjevy, patrně se vztahem k legendě sv. Anny, asi téhož původu jako malba nástropní.
Téhož původu jest i malba na zábradlí varhanní kruchty kaple. Jsou tu vymalovány emblémy, symbolizující ctnosti patronky kaple.

V hlavním oltáři je obraz sv. Rodiny ze 40. let 18. století.

Ve stěně vpravo jest zapuštěna náhrobní deska Zuzany Busové, manželky dvorního kapelníka Rudolfa II. z r. 1598.